Csapatai (játékosként): 1996–1998  ETO FC Győr , 1998–1999  Matáv Sopron , 1999  MTE 1904 Motim, 1999–2000  MTE 1904 Motim, 2000–2002 ETO FC Győr , 2002–2005 Újpest FC , 2005–2011 Fehérvár FC , 2011-2012  Vasas FC , 2012–  Kecskeméti TE 

1996-2005

Farkas Balázs Győrben született és itt is kezdte profi pályafutását az ETO-ban. 1996. és 1998. között, tizenháromszor szerepelt az első osztályban, de gólt nem sikerült szereznie.

Ezután Sopronra igazolt ahol egy szezont töltött el. Huszonöt meccsen szerepelt és négy gólt szerzett. A Sopron kölcsönadta őt az MTE-Motim gárdájának, 1999-ben. Később az Motim végleg megszerezte őt, de csak egy szezonra sikerült őt Mosonmagyaróváron tartani, utána visszatért az ETO-hoz. 2003-ig szerepelt itt majd továbbállt az Újpesthez. Második újpesti szezonjában ezüstérmet szerzett csapatával.

Videoton

2005-ben szintén továbbállt, ezúttal az FC Fehérvárhoz. A 2005/06-os szezonban harmadik lett a Fehérvárral, és 2006-ban Magyar Kupát is nyert, de a döntőben nem lépett pályára. A bajnokságban huszonnégy mérkőzésen lépett pályára és ezeken a találkozókon három gólt szerzett. Első gólját új csapatában, 2005. augusztus 21-én lőtte a Vasasnak. Később betalált még a Pápának és a Kaposvárnak is. Két mérkőzésen is a kiállítás sorsára jutott a szezonban, és hétszer mutatták fel neki a sárga lapot is. MIvel a csapat megnyerte a kupát, így elindulhatott az UEFA-kupa selejtezőjében. Az első fordulóban, a kazah Kairat Almaty ellen játszottak, és Farkas mind a két mérkőzést végigjátszotta. A csapata továbbjutott így játszhattak a svájci Grashoppers ellen. Az első mérkőzésen csereként, míg a második mérkőzésen kezdőként lépett pályára. Csapata kiesett.

A 2006/07-es szezonban hatodik helyen végzett a bajnokságban a székesfehérvári csapat. A bajnokságban huszonkét meccsen szerepelt, egy gólt szerzett. Az egyetlen gólját, a Pécsnek lőtte. A Paks ellen kiállították.

A következő szezonban, a 2007/08-asban ligakupát nyert, a döntők (két összecsapáson dőlt el a kupa sorsa) mindegyikén pályára lépett. A bajnokságban egy hellyel előrébb végzett csapatával mint az előző évben, ezúttal ötödikek lettek. Farkas huszonhét meccsén játszott a csapatának, és egyik legtermékenyebb szezonja volt, hiszen négy gólt szerzett. Egymás utáni három meccsen lőtt gólt, sorrendben: a Vasasnak, a Nyíregyházának, és a Tatabányának. A negyedik gólját később, az utolsó őszi fordulóban, a Zalaegerszegnek lőtte.

A 2008/09-es szezonban újból megnyerte a csapatával a ligakupát és ezúttal is végig játszotta a Pécs ellen vívott döntőt. A bajnokságban a hatodik helyen zártak. Farkas egy mérkőzés híján, az összes bajnoki találkozón pályára lépett, és csak háromszor cserélték be, azaz ennyiszer nem volt csak kezdőjátékos. Három góllal hálálta meg a bizalmat. A góljait a Honvéd, a REAC, és a Kaposvár csapata szenvedte el. Ebben a szezonban, egy szezon kihagyása után, újra a kiállítás sorsára jutott, ezúttal a Loki ellen.

Következett a 2009/10-es szezon, és csapata élére a korábbi szövetségi kapitányt, Mezey Györgyöt nevezték ki. Farkas az őszi szezon során tizennégy mérkőzésen pályára lépett, és egy gólt szerzett, a Vasas ellen.Bár ebben az évben még elbukták a bajnoki címet,a következő szezonban már senki sem állíthatta meg a Vidit,így Farkasék megszerezték a klub történetének első bajnoki címét,ráadásul Balázs volt a csapatkapitány.Ennek ellenére 2011 nyarán távoznia kellett,mert az új edző, Paulo Sousa nem számított rá,és a Vasashoz igazolt. 2012-ben a Kecskemét csapata 1+1 éves szerződést kötött vele.